Das Aufspielen eines Backups einer MySQL Datenbank über phpMyAdmin kann zum Teil schon bei 2 MByte Probleme bereiten.
Dieselbe Aufgabe geht über die Kommandozeile problemlos. Vorraussetzung ist natürlich einen Kommandozeilen Zugriff beim Server.
Nach dem Aufspielen der Backup Datei per FTP führt man folgenden Befehl auf der Kommandozeile aus.

mysql -uUSER -pPASSWORT -hHOST DBNAME < dump.sql

Ein Backup macht man mit folgender Zeile:

mysqldump -uUSER -pPASSWORT -hHOST DBNAME > dump.sql